אמנסטי אינטרנשיונל ניתחה את כוונתה של ישראל ליצור ולהנציח מערכת של דיכוי ושליטה ביחס לפלסטינים ובחנה את מרכיביה המרכזיים: פיצול טריטוריאלי למובלעות; הפרדה ושליטה; נישול מאדמות ומרכוש; שלילת זכויות כלכליות וחברתיות. המסקנה שאליה הגיעה אמנסטי אינטרנשיונל היא שמערכת זו מגיעה לכדי אפרטהייד. כל בעלי הסמכות השיפוטית על הפשעים שבוצעו על מנת להנציח את מערכת האפרטהייד צריכים להיחקר.