Miguel Flores a été exécuté dans l’État du Texas le 9 novembre 2000. À la suite de son exécution, le ministère mexicain des Affaires étrangères a diffusé un communiqué dans lequel il exprimait ses « profonds regrets » quant au fait que la sentence capitale prononcée à l’encontre de Miguel Flores avait été appliquée « malgré les appels répétés à la clémence » émanant du gouvernement du Mexique ainsi que d’autres pays, et d’organisations de défense des droits humains.
