Miguel Flores fue ejecutado en Texas el 9 de noviembre del 2000. Tras la ejecución, la Secretaría de Relaciones Exteriores hizo pública una declaración en la que decía que lamenta profundamente el hecho de que Miguel Flores haya sido ejecutado a pesar de las reiteradas peticiones de clemencia realizadas por el gobierno de México, por otros gobiernos y por organizaciones de derechos humanos.
